เนื้อเรื่องหลังจบ Neon Messiah ก่อนภาค G

Deletor ที่แท้จริง ยังไม่ถูกทำลายไป
เป้าหมายสูงสุด คือการดีลีท การ์ดเกมทุกชนิดให้หมดสิ้นไป
เพราะการ์ดเกม ถือเป็นเกมที่มีพลังอำนาจสูงที่สุด

แต่ Deletor ยังไม่มีพลังเพียงพอ
ที่จะดีลีท โลกแห่งเกมการ์ดของราชันย์ผู้แข็งแกร่งที่สุด
โลกของ Duel Monster ได้

เมื่อแวนการ์ด หลุดเข้ามาในโลกของโทโฮ
เพราะความเชื่อมโยงกันทางโลกคู่ขนาน
Deletor รู้ได้ว่า ที่แห่งนี้ มีการ์ดอีกชนิดหนึ่งซ่อนอยู่
ในเก็นโซเคียวไม่มีใครรู้ ไม่ใช่ สเปลการ์ด

เก็นโซเคียว ปิดผนึกพลังของการ์ดที่ชื่อว่า
Phantom Magic Vision และพลังส่วนหนึ่งของ Chaos เอาไว้

เนื้อเรื่องหลังจากภาค Next Stage
หลังจาก AKB0048 VS Macross ภาคจบ (ถ้าขุดมาทำ)

AKB0048 แม้จะได้รับสืบทอดชื่อมาแล้วก็ตาม
หากยังไม่ได้รับการยอมรับจาก AKB48
ก็ยังไม่สามารถเข้าถึงพลังของ AKB48 ที่แท้จริงได้

แต่ในจักรวาลของ AKB0048
สถานที่ซึ่ง AKB48 เคยมีตัวตนอยู่ ไม่มีอยู่อีกต่อไปแล้ว
พวกเธอจึงต้องออกตามหา เหล่าไอดอลที่แท้จริง จากโลกอื่นๆ
เพื่อเปิดประตูสู่ AKB48 ก่อนการต่อสู้ครั้งสุดท้าย ในภาค
AKB0048 Final Song - Judgement of the KIRARA (โปรเจคต์เกมในอนาคต)

1. Under the Deep sea
เหมือนเดิม

2. Mysterious Sea in Gensokyo
จะเป็นเนื้อเรื่องช่วงที่สองเกมเริ่มเชื่อมกันแล้ว
ช่วงที่ต่างฝ่ายต่างออกไปสำรวจ
ก่อนจะมาเจอกันจริงๆตอนบท 3 (หรือ TR02 เดิม)

3. Kongou in Gensokyo
เหมือนเดิม

4. The Missing Power I
5. ยังไม่ได้ตั้งชื่อ
สำหรับคนที่สงสัยจากของเก่า
ฮอปโปะกับซิลโน่ จะเจอกันครั้งแรกที่บท 4 นี้
พลังเริ่มถูกดูดออกไปจากทั้งสองโลกมากขึ้น
ทำให้การต่อสู้เริ่มรุนแรงขึ้น
แต่ทำไม เมื่อฮอปโปะกับซิลโน่อยู่ด้วยกัน
ทั้งคู่จึงไม่ได้รับผลกระทบใดๆ
จบด้วยฮอปโปะกลับไปที่ฐานของกองเรือทะเลลึก

6. Hoppou Strikes Back I
จากบท 5 จะตัดบทเลย ยังไม่เฉลยว่าเกิดอะไรขึ้น
สรุปว่าเหมือนเดิม

7. Hoppou Strikes Back II
ฮอปโปะกำลังจะถึงสถานที่ที่เธอคิดว่า จะมีคนช่วยเธอได้
(ถามจริง บอกไปขนาดนี้แล้ว ใครยังไม่รู้บ้างว่าฮอปโปะกำลังจะไปไหน)
แต่มันไม่ง่ายอย่างที่คิด
เมื่อเธอถูกขัดขวางโดยสาวเรือรบ
Boss : Nagato